tugas jurnal TI

THE POTENTIAL ROLES OF INTERFERON IN MANAGING VIRAL DISEASES IN CRUSTACEAN

resume : budidaya crustacea secara global merupakan salah satu sektor yang paling ekonomis penting yang bernilai lebih dari $ US $ 10 miliar per tahun.Sekitar 75% dari produksi dunia udang dibudidayakan berasal dari negara-negara Asia, khususnya dari China dan Thailand diikuti oleh Vietnam, Indonesia, dan India  memberikan penghasilan bagi masyarakat pedesaan dan sektor ekonomi berkembang.

Saat ini, produksi udang terus menderita masalah yang berkaitan dengan kerusakan lingkungan dan penyakit, baik menular dan tidak menular yang telah menyebabkan kerugian besar untuk industri udang sepanjang 40 tahun keberadaannya. Udang diternakkan yang rentan terhadap berbagai patogen, termasuk protozoa, jamur, bakteri, dan virus

 Namun, masih belum ada pengobatan yang efektif untuk penyakit virus. Penelitian saat ini pada penyakit krustasea berfokus pada peran sistem kekebalan tubuh bawaan sebagai mekanisme pertahanan pertama melawan infeksi virus. Dari tanggapan yang tersedia kekebalan antivirus, interferon (IFNs) diketahui memiliki efek mengganggu pada kemampuan replikasi virus, terutama pada vertebrata. Tulisan ini membahas fungsi dan molekul yang terlibat dalam sistem interferon vertebrata dan apakah molekul serupa dan jalur mungkin ada dalam sistem kekebalan tubuh krustasea. Oleh karena itu, IFN atau IFN-seperti protein dalam krustasea dapat memberikan kunci untuk penyakit virus.

demikian

berikut link yang menjelaskan secara lengkap
http://ejournal.undip.ac.id/index.php/coastdev/article/view/951

PENERAPAN BIOINFORMATIKA DALAM BIDANG BUDIDAYA PERAIRAN

PENERAPAN BIOINFORMATIKA DALAM BIDANG BUDIDAYA PERAIRAN

Berikut adalah beberapa contoh penerapan bioinformatika dalam bidang budidaya:

A. Teknologi ekspresi protein

Produksi protein rekombinan sedang hangat dalam bidang bioteknologi. Ada berbagai metoda yang dapat dipilih sebagai sistem ekspresi antara lain pendekatan bakterial, yeast (ragi),  sel insekta maupun transgenik. Banyak produk sebagai contoh hormon, gonadotropin dan enzym telah digunakan dalam akuakultur. Ekspresi antigen untuk pengembangan vaksin mewakili pula kegiatan dalam bidang ini.

B. Mikrosatelit, RFLP, Analisis QTL

Teknologi “sidik jari” DNA dan pemetaan DNA semakin mempermudah perkembangan ilmu dalam akuakultur.  Teknologi tersebut digunakan untuk identifikasi stok, seleksi dalam kegiatan breeding, dan mengidentifikasi gen yang penting dalam akuakultur seperti pertumbuhan dan resistensi terhadap penyakit. Pemetaan dan karakterisasi gen semakin dipermudah dengan adanya teknologi QTL (Quantitative Trait Loci).

C. Vaksin DNA

Kegiatan ini melibatkan pengunaan DNA untuk mengekspresikan antigen dalam inang sebagai bagian dari proses vaksinasi. Teknologi ini telah diterapkan dalam skala penelitian pada rainbow trout dan hasilnya sangat bagus. Ketika di uji tantang dengan virus IHNV, hampir 100% ikan dengan  perlakuan teknologi ini selamat dan perlakuan kontrol 85-90% mengalami kematian.

D. Chip DNA 

Teknologi baru ini mampu menganalisa ekspresi ribuan gen dalam satu microchip.  Teknologi ini berkembang pesat dan telah diaplikasikan untuk ekspresi gen, pemetaan, penemuan gen, diagnosa genetik. Dalam akuakultur sudah ada beberapa grup riset yang menggunakan teknologi ini untuk meneliti ekspresi gen pada ikan.






  

E. Proteomics

Proteomic adalah ilmu yang mempelajari sifat protein (tingkat ekspresi,  interaksi, modifikasi setelah translasi dan lainnya) dalam skala besar untuk memperoleh pandangan jelas dan terintegrasi sebagai contoh untuk mengetahui proses yang menyebabkan penyakit, meneliti proses-proses dalam sel, networking pada skala protein. Teknologi ini adalah kombinasi dari elektroforesis “2D” polyacrilamide gel dengan spektrometer. Ditunjang oleh teknologi komputer untuk mengolah data dan bioinformatika, teknologi ini menjadi metoda yang cepat dan sensitif untuk mengetahui karakterisasi protein. Kesimpulannya teknologi ini bisa mengidentifikasi protein yang dapat berperan untuk penemuan obat, theurapeutics dan lainnya.

F. Teknologi Transgenik

Teknologi transgenik telah digunakan sejak 1980 dan sekarang berkembang memproduksi makhluk hidup dengan fenotip yang diinginkan. Dalam bidang akuakultur teknologi ini berguna untuk meningkatkan laju pertumbuhan ikan; mengatur kematangan gonad, diferensiasi sex dan sterilitas; meningkatkan resistensi terhadap pathogen; mengadaptasi ikan terhadap lingkungan baru (freeze resistance!); merubah karakteristik biokimia dari daging ikan sehingga menciptakan rasa daging yang diinginkan; mengubah jalur metabolisme sehingga terjadi efisiensi pakan.

tugas analisis SIG

Proceeding PESAT (Psikologi, Ekonomi, Sastra, Arsitek & Sipil)  Vol. 2

Auditor iu m Ka mpus Gunadarma, 21-22 Agustus 2007                                                                   ISSN : 1858 - 2559

PERANCANGAN SISTEM INFORMASI GEOGRAFIS DAERAH BANJIR DI DKI

JAKARTA DENGAN MENGGUNAKAN ARC VIEW

Adeline Narwastu

1

Eri Prasetyo W

2

Sistem Informasi, Ilmu Komputer

Universitas Gunadarma

ad3l_luthu@yahoo.co.id

1

ABSTRAK

Sistem Informasi Geografis adalah sistem informasi yang digunakan untuk memasukkan, menyimpan,

memanggil kembali, mengolah, menganalisa, dan menghasilkan data bereferensi geografis atau

geospatial, untuk mendukun g pengambilan keputusan dalam suatu perencanaan. Dengan mengguna kan

SIG maka akan lebih mudah bagi para pengambil keputusan untuk menganalisa data yang ada. Karena

dengan adanya SIG maka akan digambarkan juga posisi penyebaran data pada kondisi sesungguhnya.

Pada penulisan tugas akhir ini, pe nulis membuat suatu Perancangan Si stem Informasi Geografis untuk

mengetahui daerah-daerah yang dilanda banjir di DKI Jakarta pada awal tahun 2007 menggu nakan Arc

View SIG. Dari sistem aplikasi ini diharapkan terwujudnya SIG dalam pemahaman pada kondisi banjir

yaitu memberikan pengetahuan tambahan bagaimana kita sebagai masyarakat DKI Jakarta agar dapat

mengatasi masalah ba njir.

Kata Kunci : SIG, Perancangan Sistem Infor masi Geografis, Banjir, Arc View

PENDAHULUAN

pemahaman atas pengelolaan banjir yang

dibahas dalam penulisan ini yang diberi judul

Pada Ilmu Komputer, Sistem Informasi

Perancangan Sistem Informasi Geografis Daerah

merupakan hal yang sangat mendasar

Banjir di DKI Jakarta Dengan Menggunakan

keterkaitannya dengan sistem secara global.

ArcView disajikan untuk pembaca sebagai infor-

Sistem Informasi Geografis (SIG) adalah salah

masi yang sekiranya dapat membantu.

satu sistem informasi yang dibahas dalam ilmu

komputer, yang dalam pengintegrasiannya SIG

Sistem Informasi Geografis

merangkul dan merepresentasikan sistem

informasi lainnya. SIG menggunakan teknologi

Pada dasarnya, istilah sistem informasi geografis

komputer untuk mengintegrasikan, me-

merupakan gabungan dari tiga unsur pokok:

manipulasi dan menampilkan informasi yang ada

sistem, informasi, dan geografis. Dengan melihat

di suatu area geografi, lingkungan, dan

unsur-unsur pokoknya, maka jelas SIG

karakteristik yang mengikuti suatu daerah

merupakan salah satu sistem informasi dan SIG

geografi. SIG dapat digunakan oleh berbagai

merupakan suatu sistem yang menekankan pada

bidang ilmu, pekerjaan, atau peristiwa seperti

unsur "Informasi Geografis". Penggunaan kata

arkeologi, agrikultur,  keamanan dan pertahanan,

”Geografis" mengandung pengertian suatu

kesehatan, pemerintahan, kehutanan,

persoalan mengenai bumi: permukaan dua atau

pendidikan, kelautan, hasil alam, bencana,

tiga dimensi. Istilah "Informasi Geografis"

tempat wisata dan masih banyak lagi. SIG dapat

mengandung pengertian informasi mengenai

menjawab pertanyaan-pertanyaan umum dan

keterangan-keterangan (atribut) yang terdapat di

kompleks yang terjadi dalam suatu instansi, SIG

permukaan bumi yang posisinya diberikan atau

juga dapat membantu dalam pengambilan

diketahui. Dengan memperhatikan pengertian

keputusan yang lebih baik. Sebagai contoh, yang

Sistem Informasi, maka SIG merupakan suatu

dapat dibuat dengan dasar SIG adalah daerah-

kesatuan formal yang terdiri dari berbagai

daerah yang dilanda banjir  pada awal tahun

sumber daya fisik dan logika yang berkenaan

2007 ini di DKI Jakarta. Bencana banjir yang

dengan objek-objek yang terdapat di permukaan

melanda Provinsi DKI Jakarta pada awal tahun

bumi. Dan, SIG merupakan sejenis perangkat

2007 merupakan bencana banjir terbesar

lunak yang dapat digunakan untuk pemasukkan,

dibandingkan dengan beberapa tahun terakhir.

penyimpanan, manipulasi, menampilkan, dan

Untuk mengantisipasi ancaman banjir dan

keluaran informasi geografis berikut atribut-

menekan akibatnya, diperlukan pemahaman

atributnya. Berikut subsistem dalam SIG :

masyarakat atas kejadian banjir yang lalu serta

1. Data Input: subsistem ini bertugas untuk

pengelolaan yang diperlukan untuk meng-

mengumpulkan, mempersiapkan data spasial

hadapinya. Agar seluruh upaya itu berjalan

dan atribut dari berbagai sumber, dan

lancar, maka sosialisasi peningkatan

bertanggung jawab dalam mengkonversi

Perancan gan Sistem Informasi Geografis … …

Narwastu

C1

Proceeding PESAT (Psikologi, Ekonomi, Sastra, Arsitek & Sipil)  Vol. 2

Auditorium Kampus Guna darma, 21-22 Agustus 2007                                                                   ISSN : 1858 - 2559

format data-data aslinya ke dalam format

1. Model Data Raster: Model data raster

yang dapat digunakan oleh SIG.

menampilkan, menempatkan, dan me-

2. Data Output: subsistem ini menampilkan

nyimpan data spasial dengan menggunakan

atau menghasilkan keluaran seluruh atau

struktur matriks atau piksel-piksel yang

sebagian basisdata baik dalam bentuk

membentuk grid. Akurasi model data ini

softcopy maupun hardcopy seperti: tabel,

sangat bergantung pada resolusi atau ukuran

grafik, peta dan lain-lain.

pikselnya (sel grid) di permukaan bumi. Entity

3. Data Management: subsistem ini

spasial raster disimpan di dalam layer yang

mengorganisasikan baik data spasial

secara fungsionalitas direlasikan dengan

maupun atribut ke dalam sebuah basidata

unsur-unsur petanya. Model data raster

sedemikian rupa sehingga mudah dipanggil,

memberikan informasi spasial apa yang

diupdate, dan diedit.

terjadi dimana saja dalam bentuk gambaran

4.  Data Manipulasi dan Analisis: subsistem ini

yang digeneralisir.

menentukan informasi-informasi yang dapat

2. Model Data Vektor: Model data vektor

dihasilkan oleh SIG. Selain itu, subsistem ini

menampilkan, menempatkan, dan me-

juga melakukan manipulasi dan pemodelan

nyimpan data spasial dengan menggunakan

data untuk menghasilkan informasi yang

titik-titik, garis-garis atau kurva, atau poligon

diharapkan.

beserta atribut-atributnya. Bentuk-bentuk

dasar representasi data spasial ini, di dalam

SIG terdiri dari beberapa komponen  :

sistem model data vektor, didefinisikan oleh

1. Perangkat Keras: perangkat keras yang sering

sistem koodinat kartesian dua dimensi (x,y).

digunakan untuk SIG adalah komputer (PC),

Pada model data vektor terdapat tiga entity

mouse, digitizer, printer, plotter, dan scanner.

yaitu :

2. Perangkat Lunak: SIG juga merupakan

• Entity Titik

sistem perangkat lunak yang tersusun secara

• Entity Garis

modular dimana basis data memegang

• Entity Poligon

peranan kunci. Setiap subsistem

diimplementasikan dengan menggunakan

ArcView GIS

perangkat lunak yang terdiri dari beberapa

ArcView merupakan salah satu perangkat lunak

modul.

desktop Sistem Informasi Geografis dan

3. Data dan Informasi Geografi: SIG dapat

pemetaan yang telah dikembangkan oleh ESRI.

mengumpulkan dan menyimpan data dan

informasi yang diperlukan baik secara tidak

langsung dengan cara mengimpornya dari

perangkat-perangkat lunak SIG yang lain

maupun secara langsung dengan cara

mendijitasi data spasialnya dari peta dan

memasukkan data atributnya dari tabel-tabel

dan laporan dengan menggunakan

keyboard.

4. Manajemen: suatu proyek SIG akan berhasil

jika dimanage dengan baik dan dikerjakan

oleh orang-orang memiliki keahlian yang

tepat pada semua tingkatan.

Model dunia nyata dapat memudahkan

manusia di dalam studi area aplikasi yang dipilih

dengan cara mereduksi sejumlah kompleksitas

yang ada. Untuk merepresentasikan objek-objek

seperti

bentuk bangunan, batas-batas wilayah,

garis-garis jalan raya, sungai, posisi pilar, dan

sebagainya, yang dapat dilakukan oleh komputer

Gambar 1.   Contoh Data Geospasial

adalah memanipulasi objek dasar atau entity

Kemampuan-kemampuan perangkat SIG

yang memiliki atribut geometri. Hingga saat ini,

Arc View ini secara umum dapat dijabarkan

secara umum, persepsi manusia mengenai

sebagai berikut :

bentuk representasi entity spasial adalah konsep

1.  Pertukaran data: membaca dan menúliskan

raster dan vektor, sehingga untuk menyajikan

data dari dan ke dalam format perangkat

entity spasial digunakan  dua model data yakni :

lunak SIG lainnya.

Perancangan Sistem Informasi Geografis … …

C2                                                                                                                                                                   Narwastu

Proceeding PESAT (Psikologi, Ekonomi, Sastra, Arsitek & Sipil)  Vol. 2

Auditor iu m Ka mpus Gunadarma, 21-22 Agustus 2007                                                                   ISSN : 1858 - 2559

2.  Melakukan analisis statistik dan operasi-

6.  Layout, digunakan untuk menggabungkan

operasi matematis.

semua dokumen (view, tabel, dan chart) ke

3.  Menampilkan Informasi (basisdata) spasial

dalam suatu dokumen yang siap cetak

maupun atribut.

7. Script, merupakan bahasa (semi) pe-

4.  Menjawab query spasial maupun atribut.

mrograman sederhana (makro) yang

5.   Melakukan fungsi-fungsi dasar SIG.

digunakan untuk mengotomasikan kerja Arc

6.   Membuat peta tematik.

View. Arc View menyediakan bahasa

7. Mengcustomize aplikasi dengan

sederhana ini dengan sebutan Avenue.

menggunakan bahasa skrip.

8.  Melakukan fungsi-fungsi SIG khusus lainnya

(dengan menggunakan extension yang

ditujukan untuk mendukung penggunaan

perangkat lunak SIG Arc View).

Komponen-komponen pada ArcView :

1.  Project, merupakan suatu unit organisasi

tertinggi di dalam ArcView yang dapat

digunakan untuk menyimpan,

mengelompokkan, dan mengorganisasikan

semua komponen-komponen program : view,

theme, tabel, chart, layout, dan script dalam

satu kesatuan yang utuh. Sebuah project

merupakan kumpulan windows dan dokumen

yang dapat diaktifkan dan ditampilkan

selama bekerja dengan ArcView. Project Arc

View dimplementasikan ke dalam sebuah file

teks (ASCII) dengan nama belakang

Gambar 2.  Tampilan Project ArcView

(extension) ".APR".

2. Theme, merupakan suatu bangunan dasar

PEMBAHASAN

sistem ArcView. Themes merupakan

kumpulandari beberapa layer ArcView yang

Perancangan

membentuk suatu 'tematik' tertentu. Sumber

data yang dapat direpresentasikan sebagai

Aplikasi Perancangan SIG Daerah Banjir di DKI

theme adalah shapefile, coverage (ArcInfo),

Jakarta menyajikan informasi data spasial dan

dan citra raster.

non spasial tentang daerah banjir DKI Jakarta

3.  View, mengorganisasikan theme. Sebuah

kepada penggunanya. Informasi data spasial

view merupakan representasi grafis informasi

direpresentasikan dalam bentuk grafis,

spasial dan dapat menampung beberapa

sedangkan informasi atribut dari spasial

"layer" atau "theme" informasi spasial (titik,

direpresentasikan dalam bentuk tabel. Berikut

garis, poligon, dan citra raster).

merupakan tahapan dalam pembuatan sistem

4.  Tabel, merupakan representasi data. Sebuah

aplikasi Perancangan SIG Daerah Banjir di DKI

tabel akan berisi informasi deskriptif

Jakarta :

mengenai layer tertentu. Setiap baris data

1. Studi pustaka tentang Sistem Informasi

(record) mendefinisikan sebuah entry

Geografis dan Arc View GIS.

(misalnya informasi mengenai salah satu

2. Mengumpulkan data tentang banjir DKI

poligon batas propinsi) di dalam basisdata

Jakarta yang terjadi sekitar awal tahun 2007

spasialnya, setiap kolom (field) men-

ini dari internet dan DPU (Dinas Pekerjaan

definisikan atribut atau karakteristik dari entry

Umum), Jakarta.

(misalnya nama, luas, keliling, atau populasi

3. Menganalisa data dan merancang aplikasi.

suatu propinsi) yang bersangkutan.

4. Mendigitasi data-data spasial yang didapat,

5.  Chart, merupakan representasi grafis dari

dan memasukkan data-data non spasial ke

resume tabel data. Chart juga bisa

dalam tabel-tabel.

mendukung hasil suatu query terhadap suatu

5. Memodifikasi tampilan antar muka

tabel data. Bentuk chart yang didukung oleh

menggunakan script avenue.

Arc View adalah line, bar, column, xy scatter,

Diagram berikut menjelaskan tentang

area, dan pie.

alur dari pembuatan sistem aplikasi ini dengan

tahapan: Peta yang dibutuhkan diinput ke

komputer, lalu didigitasi dan disimpan dengan

Perancan gan Sistem Informasi Geografis … …

Narwastu

C3